Μαρία Α΄ της Σκωτίας
Dafato Team | 24 Μαΐ 2022
Πίνακας Περιεχομένων
Σύνοψη
Η Μαρία, βασίλισσα της Σκωτίας (8 Δεκεμβρίου 1542 - 8 Φεβρουαρίου 1587), επίσης γνωστή ως Μαρία Στιούαρτ ή Μαρία Α' της Σκωτίας, ήταν βασίλισσα της Σκωτίας από τις 14 Δεκεμβρίου 1542 έως την αναγκαστική παραίτησή της το 1567.
Η Μαρία, το μοναδικό επιζών νόμιμο παιδί του Ιακώβου Ε΄ της Σκωτίας, ήταν έξι ημερών όταν πέθανε ο πατέρας της και ανέβηκε στο θρόνο. Κατά τη διάρκεια της παιδικής της ηλικίας, η Σκωτία κυβερνιόταν από αντιβασιλείς, αρχικά από τον διάδοχο του θρόνου, τον Τζέιμς Χάμιλτον, κόμη του Άραν, και στη συνέχεια από τη μητέρα της, τη Μαρία της Γκουίζ. Το 1548, αρραβωνιάστηκε τον Φραγκίσκο, τον Δελφίνο της Γαλλίας, και στάλθηκε για να μεγαλώσει στη Γαλλία, όπου θα ήταν ασφαλής από τις εισβολικές αγγλικές δυνάμεις κατά τη διάρκεια του Rough Wooing. Η Μαρία παντρεύτηκε τον Φραγκίσκο το 1558 και έγινε βασίλισσα σύζυγος της Γαλλίας από την ενθρόνισή του το 1559 έως τον θάνατό του τον Δεκέμβριο του 1560. Χήρα, η Μαρία επέστρεψε στη Σκωτία τον Αύγουστο του 1561. Μετά τη Σκωτσέζικη Μεταρρύθμιση, το τεταμένο θρησκευτικό και πολιτικό κλίμα που συνάντησε η Μαρία κατά την επιστροφή της στη Σκωτία αναστατώθηκε περαιτέρω από επιφανείς Σκωτσέζους όπως ο Τζον Νοξ, ο οποίος αμφισβήτησε ανοιχτά αν οι υπήκοοί της είχαν καθήκον να την υπακούουν. Τα πρώτα χρόνια της προσωπικής της διακυβέρνησης χαρακτηρίστηκαν από πραγματισμό, ανοχή και μετριοπάθεια. Εξέδωσε διακήρυξη με την οποία αποδέχτηκε τη θρησκευτική διευθέτηση στη Σκωτία όπως την είχε βρει κατά την επιστροφή της, διατήρησε συμβούλους όπως ο Τζέιμς Στιούαρτ, κόμης του Μορέι, και ο Γουίλιαμ Μέιτλαντ του Λίτινγκτον, και κυβέρνησε ως καθολική μονάρχης ενός προτεσταντικού βασιλείου.
Η Μαίρη παντρεύτηκε τον ετεροξάδελφό της, Χένρι Στιούαρτ, λόρδο Ντάρνλεϊ, το 1565 και τον Ιούνιο του 1566 απέκτησαν έναν γιο, τον Τζέιμς. Τον Φεβρουάριο του 1567, η κατοικία του Ντάρνλεϊ καταστράφηκε από έκρηξη και ο ίδιος βρέθηκε δολοφονημένος στον κήπο. Ο James Hepburn, 4ος κόμης του Bothwell, θεωρήθηκε γενικά ότι ενορχήστρωσε τον θάνατο του Darnley, αλλά αθωώθηκε από την κατηγορία τον Απρίλιο του 1567 και τον επόμενο μήνα παντρεύτηκε τη Mary. Μετά από εξέγερση εναντίον του ζευγαριού, η Μαίρη φυλακίστηκε στο κάστρο Loch Leven. Στις 24 Ιουλίου 1567, αναγκάστηκε να παραιτηθεί υπέρ του ενός έτους γιου της. Μετά από μια αποτυχημένη προσπάθεια να ανακτήσει τον θρόνο, κατέφυγε νότια αναζητώντας την προστασία της πρώτης εξαδέλφης της, της Ελισάβετ Α΄ της Αγγλίας. (Η Ελισάβετ ήταν εγγονή του Ερρίκου Ζ΄ της Αγγλίας και η Μαρία ήταν δισέγγονή του).
Η Μαρία είχε κάποτε διεκδικήσει τον θρόνο της Ελισάβετ ως δικό της και θεωρούνταν η νόμιμη κυρίαρχος της Αγγλίας από πολλούς Άγγλους Καθολικούς, συμπεριλαμβανομένων των συμμετεχόντων σε μια εξέγερση γνωστή ως Εξέγερση του Βορρά. Αντιλαμβανόμενη τη Μαρία ως απειλή, η Ελισάβετ την έκλεισε σε διάφορα κάστρα και αρχοντικά στο εσωτερικό της Αγγλίας. Μετά από δεκαοκτώμισι χρόνια αιχμαλωσίας, η Μαρία κρίθηκε ένοχη για συνωμοσία με σκοπό τη δολοφονία της Ελισάβετ το 1586 και αποκεφαλίστηκε τον επόμενο χρόνο στο κάστρο Fotheringhay. Η ζωή της Μαρίας, οι γάμοι, η καταγωγή της, η υποτιθέμενη εμπλοκή της σε συνωμοσίες κατά της Ελισάβετ και η επακόλουθη εκτέλεσή της την καθιέρωσαν ως διχαστικό και άκρως ρομαντικό ιστορικό χαρακτήρα, που απεικονίζεται στον πολιτισμό για αιώνες.
Η Μαρία γεννήθηκε στις 8 Δεκεμβρίου 1542 στο παλάτι του Λίνλιθγκοου, στη Σκωτία, από τον βασιλιά Ιάκωβο Ε' και τη δεύτερη σύζυγό του, τη Γαλλίδα Μαρία της Γκουίζ. Λέγεται ότι γεννήθηκε πρόωρα και ήταν το μόνο νόμιμο παιδί του Ιακώβου που επέζησε. Ήταν ανιψιά του βασιλιά Ερρίκου Η΄ της Αγγλίας, καθώς η πατρική της γιαγιά, Μαργαρίτα Τυδώρ, ήταν η μεγαλύτερη αδελφή του Ερρίκου Η΄. Στις 14 Δεκεμβρίου, έξι ημέρες μετά τη γέννησή της, έγινε βασίλισσα της Σκωτίας όταν ο πατέρας της πέθανε, ίσως από τις συνέπειες νευρικής κατάρρευσης μετά τη μάχη του Solway Moss ή από την κατανάλωση μολυσμένου νερού κατά τη διάρκεια εκστρατείας.
Μια δημοφιλής ιστορία, που καταγράφηκε για πρώτη φορά από τον John Knox, αναφέρει ότι ο James, όταν άκουσε στο νεκροκρέβατο του ότι η γυναίκα του είχε γεννήσει μια κόρη, αναφώνησε με λύπη: "Ήρθε με μια κοπέλα και θα έρθει με μια κοπέλα!" Ο οίκος των Στιούαρτ είχε αποκτήσει τον θρόνο της Σκωτίας τον 14ο αιώνα μέσω του γάμου της Μάρτζορι Μπρους, κόρης του Ρόμπερτ Μπρους, με τον Γουόλτερ Στιούαρτ, 6ο Ανώτατο Διοικητή της Σκωτίας. Το στέμμα είχε έρθει στην οικογένειά του μέσω μιας γυναίκας και θα χανόταν από την οικογένειά του μέσω μιας γυναίκας. Αυτή η θρυλική δήλωση επαληθεύτηκε πολύ αργότερα - όχι μέσω της Μαρίας, αλλά μέσω της προ-προ-προ- εγγονής της Άννας, βασίλισσας της Μεγάλης Βρετανίας.
Η Μαρία βαφτίστηκε στην κοντινή εκκλησία του Αγίου Μιχαήλ λίγο μετά τη γέννησή της. Οι φήμες διέδιδαν ότι ήταν αδύναμη και εύθραυστη, αλλά ένας Άγγλος διπλωμάτης, ο Ralph Sadler, είδε το βρέφος στο παλάτι του Linlithgow τον Μάρτιο του 1543, ξετυλιγμένο από τη νοσοκόμα της Jean Sinclair, και έγραψε: "είναι ένα τόσο όμορφο παιδί όσο έχω δει στην ηλικία της και τόσο όμορφο για να ζήσει".
Καθώς η Μαρία ήταν βρέφος έξι ημερών όταν κληρονόμησε τον θρόνο, η Σκωτία κυβερνιόταν από αντιβασιλείς μέχρι να ενηλικιωθεί. Από την αρχή, υπήρχαν δύο διεκδικήσεις για την αντιβασιλεία: η μία από τον καθολικό καρδινάλιο Μπίτον και η άλλη από τον προτεστάντη κόμη του Άραν, ο οποίος ήταν ο επόμενος στη σειρά διαδοχής του θρόνου. Η διεκδίκηση του Μπίτον βασιζόταν σε μια εκδοχή της διαθήκης του βασιλιά, την οποία οι αντίπαλοί του απέρριψαν ως πλαστογραφία. Ο Άραν, με την υποστήριξη των φίλων και των συγγενών του, έγινε αντιβασιλέας μέχρι το 1554, όταν η μητέρα της Μαρίας κατάφερε να τον απομακρύνει και να τον διαδεχθεί.
Συνθήκη του Γκρίνουιτς
Ο βασιλιάς Ερρίκος Η' της Αγγλίας εκμεταλλεύτηκε την ευκαιρία της αντιβασιλείας για να προτείνει γάμο μεταξύ της Μαρίας και του δικού του γιου και διαδόχου, Εδουάρδου, ελπίζοντας σε μια ένωση της Σκωτίας με την Αγγλία. Την 1η Ιουλίου 1543, όταν η Μαρία ήταν έξι μηνών, υπεγράφη η Συνθήκη του Γκρίνουιτς, η οποία υποσχόταν ότι, σε ηλικία δέκα ετών, η Μαρία θα παντρευόταν τον Εδουάρδο και θα μετακόμιζε στην Αγγλία, όπου ο Ερρίκος θα μπορούσε να επιβλέπει την ανατροφή της. Η συνθήκη προέβλεπε ότι οι δύο χώρες θα παρέμεναν νομικά χωριστές και, αν το ζευγάρι δεν αποκτούσε παιδιά, η προσωρινή ένωση θα διαλυόταν. Ο καρδινάλιος Μπίτον ανέβηκε ξανά στην εξουσία και άρχισε να προωθεί μια φιλοκαθολική φιλογαλλική ατζέντα, εξοργίζοντας τον Ερρίκο, ο οποίος ήθελε να σπάσει τη σκωτσέζικη συμμαχία με τη Γαλλία.
Ο Beaton ήθελε να μεταφέρει τη Mary μακριά από την ακτή στην ασφάλεια του κάστρου του Stirling. Ο αντιβασιλέας Arran αντιστάθηκε στη μετακίνηση, αλλά υποχώρησε όταν οι ένοπλοι υποστηρικτές του Beaton συγκεντρώθηκαν στο Linlithgow. Ο κόμης του Λένοξ συνόδευσε τη Μαρία και τη μητέρα της στο Στίρλινγκ στις 27 Ιουλίου 1543 με 3.500 ένοπλους άνδρες. Η Μαρία στέφθηκε στο παρεκκλήσι του κάστρου στις 9 Σεπτεμβρίου 1543, με "τέτοια επισημότητα που χρησιμοποιούν σε αυτή τη χώρα, η οποία δεν είναι πολύ δαπανηρή", σύμφωνα με την έκθεση των Ralph Sadler και Henry Ray.
Λίγο πριν από τη στέψη της Μαρίας, ο Ερρίκος συνέλαβε Σκωτσέζους εμπόρους που κατευθύνονταν προς τη Γαλλία και δέσμευσε τα εμπορεύματά τους. Οι συλλήψεις προκάλεσαν οργή στη Σκωτία και ο Άραν προσχώρησε στον Μπίτον και έγινε καθολικός. Η Συνθήκη του Γκρίνουιτς απορρίφθηκε από το Κοινοβούλιο της Σκωτίας τον Δεκέμβριο. Η απόρριψη της συνθήκης γάμου και η ανανέωση της συμμαχίας μεταξύ Γαλλίας και Σκωτίας προκάλεσαν το "Rough Wooing" του Ερρίκου, μια στρατιωτική εκστρατεία με σκοπό να επιβάλει τον γάμο της Μαρίας με τον γιο του. Οι αγγλικές δυνάμεις πραγματοποίησαν σειρά επιδρομών σε σκωτσέζικα και γαλλικά εδάφη. Τον Μάιο του 1544, ο Άγγλος κόμης του Χέρτφορντ (μετέπειτα δούκας του Σόμερσετ) πραγματοποίησε επιδρομή στο Εδιμβούργο και οι Σκωτσέζοι πήγαν τη Μαρία στο Ντάνκελντ για ασφάλεια.
Τον Μάιο του 1546, ο Beaton δολοφονήθηκε από προτεστάντες γαιοκτήμονες και στις 10 Σεπτεμβρίου 1547, εννέα μήνες μετά τον θάνατο του Ερρίκου Η΄, οι Σκωτσέζοι υπέστησαν βαριά ήττα στη μάχη του Pinkie. Οι κηδεμόνες της Μαρίας, φοβούμενοι για την ασφάλειά της, την έστειλαν στο ηγουμενείο του Ιντσμάχομ για όχι περισσότερο από τρεις εβδομάδες και στράφηκαν στους Γάλλους για βοήθεια.
Ο βασιλιάς Ερρίκος Β' της Γαλλίας πρότεινε να ενώσει τη Γαλλία και τη Σκωτία παντρεύοντας τη νεαρή βασίλισσα με τον τρίχρονο γιο του, τον δελφίνο Φραγκίσκο. Με την υπόσχεση γαλλικής στρατιωτικής βοήθειας και ενός γαλλικού δουκάτου για τον ίδιο, ο Άραν συμφώνησε στον γάμο. Τον Φεβρουάριο του 1548, η Μαρία μεταφέρθηκε, και πάλι για την ασφάλειά της, στο κάστρο Ντάμπαρτον. Οι Άγγλοι άφησαν πίσω τους και πάλι ίχνη καταστροφής και κατέλαβαν τη στρατηγικής σημασίας πόλη Χάντινγκτον. Τον Ιούνιο, η πολυαναμενόμενη γαλλική βοήθεια έφτασε στο Leith για να πολιορκήσει και τελικά να καταλάβει το Haddington. Στις 7 Ιουλίου 1548, ένα σκωτσέζικο κοινοβούλιο που πραγματοποιήθηκε σε ένα μοναστήρι κοντά στην πόλη συμφώνησε με τη γαλλική συνθήκη γάμου.
Η ζωή στη Γαλλία
Με τη συμφωνία του γάμου της, η πεντάχρονη Μαρία στάλθηκε στη Γαλλία για να περάσει τα επόμενα δεκατρία χρόνια στη γαλλική αυλή. Ο γαλλικός στόλος που έστειλε ο Ερρίκος Β', με διοικητή τον Nicolas de Villegagnon, απέπλευσε με τη Μαρία από το Dumbarton στις 7 Αυγούστου 1548 και έφτασε μια εβδομάδα ή περισσότερο αργότερα στο Roscoff ή στο Saint-Pol-de-Léon στη Βρετάνη.
Η Μαρία συνοδευόταν από τη δική της αυλή, συμπεριλαμβανομένων δύο νόθων ετεροθαλών αδελφών και των "τεσσάρων Marys" (τέσσερα κορίτσια της ηλικίας της, όλα με το όνομα Mary), οι οποίες ήταν κόρες μερικών από τις ευγενέστερες οικογένειες της Σκωτίας: Beaton, Seton, Fleming και Livingston. Η Janet, Lady Fleming, η οποία ήταν μητέρα της Mary Fleming και ετεροθαλής αδελφή του James V, διορίστηκε γκουβερνάντα. Όταν η Λαίδη Φλέμινγκ έφυγε από τη Γαλλία το 1551, τη διαδέχθηκε μια Γαλλίδα γκουβερνάντα, η Φρανσουάζ ντε Παρόι.
Ζωηρή, όμορφη και έξυπνη (σύμφωνα με τις σύγχρονες μαρτυρίες), η Μαρία είχε μια πολλά υποσχόμενη παιδική ηλικία. Στη γαλλική αυλή ήταν η αγαπημένη όλων, εκτός από τη σύζυγο του Ερρίκου Β', Αικατερίνη των Μεδίκων. Η Μαρία έμαθε να παίζει λαούτο και βιργινάλιο, ήταν ικανή στην πεζογραφία, την ποίηση, την ιππασία, τη γερανοποιία και τη χειροτεχνία και διδάχθηκε γαλλικά, ιταλικά, λατινικά, ισπανικά και ελληνικά, εκτός από τη μητρική της Σκωτία. Η μέλλουσα κουνιάδα της, η Ελισάβετ του Βαλουά, έγινε στενή φίλη της, για την οποία η Μαίρη "διατήρησε νοσταλγικές αναμνήσεις στη μετέπειτα ζωή της". Η γιαγιά της Μαρίας από τη μητέρα της, η Αντουανέτα ντε Βουρβόν, ήταν μια άλλη ισχυρή επιρροή στην παιδική της ηλικία και λειτούργησε ως ένας από τους κύριους συμβούλους της.
Τα πορτραίτα της Μαρίας δείχνουν ότι είχε μικρό, οβάλ κεφάλι, μακρύ, χαριτωμένο λαιμό, λαμπερά καστανόξανθα μαλλιά, καστανά καστανά μάτια, κάτω από βαριά χαμηλωμένα βλέφαρα και λεπτά τοξωτά φρύδια, απαλό χλωμό δέρμα, ψηλό μέτωπο και κανονικά, σταθερά χαρακτηριστικά. Θεωρήθηκε όμορφο παιδί και αργότερα, ως γυναίκα, εντυπωσιακά ελκυστική. Κάποια στιγμή στη βρεφική ή παιδική της ηλικία κόλλησε ευλογιά, η οποία όμως δεν σημάδεψε τα χαρακτηριστικά της.
Η Μαρία ήταν εύγλωττη και ιδιαίτερα ψηλή για τα δεδομένα του 16ου αιώνα (ενώ ο γιος και διάδοχος του Ερρίκου Β', Φραγκίσκος, τραύλιζε και ήταν ασυνήθιστα κοντός. Ο Ερρίκος σχολίασε: "από την πρώτη κιόλας μέρα που συναντήθηκαν, ο γιος μου και εκείνη τα πήγαιναν τόσο καλά μαζί, σαν να γνωρίζονταν από καιρό". Στις 4 Απριλίου 1558, η Μαρία υπέγραψε μια μυστική συμφωνία με την οποία κληροδοτούσε τη Σκωτία και τις διεκδικήσεις της στην Αγγλία στο γαλλικό στέμμα, αν πέθαινε χωρίς απογόνους. Είκοσι ημέρες αργότερα, παντρεύτηκε τον Δελφίνο στην Παναγία των Παρισίων και έγινε βασιλικός σύζυγος της Σκωτίας.
Διεκδίκηση του αγγλικού θρόνου
Τον Νοέμβριο του 1558, η μεγαλύτερη κόρη του Ερρίκου Η΄, Μαρία Α΄ της Αγγλίας, διαδέχθηκε τη μοναδική επιζώντα αδελφή της, την Ελισάβετ Α΄. Σύμφωνα με την Τρίτη Πράξη Διαδοχής, η οποία ψηφίστηκε το 1543 από το Κοινοβούλιο της Αγγλίας, η Ελισάβετ αναγνωρίστηκε ως διάδοχος της αδελφής της και η τελευταία διαθήκη του Ερρίκου Η΄ είχε αποκλείσει τους Στιούαρτ από τη διαδοχή στον αγγλικό θρόνο. Ωστόσο, στα μάτια πολλών καθολικών, η Ελισάβετ ήταν νόθα και η Μαρία Στιούαρτ ήταν η νόμιμη βασίλισσα της Αγγλίας, ως η ανώτερη επιζών νόμιμη απόγονος του Ερρίκου Ζ΄ μέσω της γιαγιάς της, Μαργαρίτας Τούντορ. Ο Ερρίκος Β΄ της Γαλλίας ανακήρυξε τον μεγαλύτερο γιο του και τη νύφη του βασιλιά και βασίλισσα της Αγγλίας. Στη Γαλλία τα βασιλικά όπλα της Αγγλίας συνοικέσιοποιήθηκαν με εκείνα του Φραγκίσκου και της Μαρίας. Η διεκδίκηση του αγγλικού θρόνου από τη Μαρία αποτελούσε μόνιμο σημείο αντιπαράθεσης μεταξύ της ίδιας και της Ελισάβετ.
Όταν ο Ερρίκος Β' πέθανε στις 10 Ιουλίου 1559, από τραύματα που υπέστη σε μια κονταρομαχία, ο δεκαπεντάχρονος Φραγκίσκος και η δεκαεξάχρονη Μαρία έγιναν βασιλιάς και βασίλισσα της Γαλλίας. Δύο από τους θείους της βασίλισσας, ο δούκας της Γυάσου και ο καρδινάλιος της Λωρραίνης, κυριαρχούσαν πλέον στη γαλλική πολιτική, απολαμβάνοντας μια άνοδο που ορισμένοι ιστορικοί αποκαλούσαν la tyrannie Guisienne.
Στη Σκωτία, η δύναμη των προτεσταντών Λόρδων της Συνόδου αυξανόταν εις βάρος της μητέρας της Μαρίας, η οποία διατηρούσε τον αποτελεσματικό έλεγχο μόνο με τη χρήση γαλλικών στρατευμάτων. Στις αρχές του 1560, οι Προτεστάντες Λόρδοι κάλεσαν αγγλικά στρατεύματα στη Σκωτία σε μια προσπάθεια να διασφαλίσουν τον Προτεσταντισμό. Μια εξέγερση των Ουγενότων στη Γαλλία, η ταραχή της Αμπουάζ, κατέστησε αδύνατη την αποστολή περαιτέρω υποστήριξης από τους Γάλλους. Αντ' αυτού, οι αδελφοί Γκιζ έστειλαν πρεσβευτές για να διαπραγματευτούν έναν διακανονισμό. Στις 11 Ιουνίου 1560 πέθανε η αδελφή τους, η μητέρα της Μαρίας, και έτσι το ζήτημα των μελλοντικών γαλλο-σκοτσέζικων σχέσεων ήταν επιτακτικό. Σύμφωνα με τους όρους της Συνθήκης του Εδιμβούργου, που υπογράφηκε από τους αντιπροσώπους της Μαρίας στις 6 Ιουλίου 1560, η Γαλλία και η Αγγλία δεσμεύτηκαν να αποσύρουν τα στρατεύματα από τη Σκωτία. Η Γαλλία αναγνώρισε το δικαίωμα της Ελισάβετ να κυβερνήσει την Αγγλία, αλλά η δεκαεπτάχρονη Μαρία, που βρισκόταν ακόμη στη Γαλλία και θρηνούσε για τη μητέρα της, αρνήθηκε να επικυρώσει τη συνθήκη.
Ο βασιλιάς Φραγκίσκος Β' πέθανε στις 5 Δεκεμβρίου 1560 από μόλυνση του μέσου ωτός που οδήγησε σε απόστημα στον εγκέφαλό του. Η Μαρία ήταν θλιμμένη. Η πεθερά της, Αικατερίνη ντε' Μεντίτσι, έγινε αντιβασίλισσα για τον δεκάχρονο αδελφό του εκλιπόντος βασιλιά Κάρολο Θ', ο οποίος κληρονόμησε τον γαλλικό θρόνο. Η Μαρία επέστρεψε στη Σκωτία εννέα μήνες αργότερα, φτάνοντας στο Leith στις 19 Αυγούστου 1561. Έχοντας ζήσει στη Γαλλία από την ηλικία των πέντε ετών, η Μαρία είχε μικρή άμεση εμπειρία από την επικίνδυνη και πολύπλοκη πολιτική κατάσταση στη Σκωτία. Ως ευσεβής Καθολική, αντιμετωπίστηκε με καχυποψία από πολλούς υπηκόους της, καθώς και από τη βασίλισσα της Αγγλίας. Η Σκωτία ήταν διχασμένη μεταξύ καθολικών και προτεσταντικών φατριών. Ο νόθος ετεροθαλής αδελφός της Μαρίας, ο κόμης του Μορέι, ήταν ηγέτης των Προτεσταντών. Ο προτεστάντης μεταρρυθμιστής Τζον Νοξ έκανε κήρυγμα κατά της Μαρίας, καταδικάζοντάς την επειδή άκουγε τη λειτουργία, χόρευε και ντυνόταν πολύ περίτεχνα. Τον κάλεσε στην παρουσία της για να του διαμαρτυρηθεί, αλλά δεν τα κατάφερε. Αργότερα τον κατηγόρησε για προδοσία, αλλά αθωώθηκε και αφέθηκε ελεύθερος.
Προς έκπληξη και απογοήτευση του καθολικού κόμματος, η Μαρία ανέχθηκε τη νεοσύστατη προτεσταντική κυριαρχία και διατήρησε τον ετεροθαλή αδελφό της Moray ως κύριο σύμβουλό της. Το απόρρητο συμβούλιο των 16 ανδρών της, που διορίστηκε στις 6 Σεπτεμβρίου 1561, διατήρησε όσους κατείχαν ήδη τα κρατικά αξιώματα. Στο συμβούλιο κυριάρχησαν οι προτεστάντες ηγέτες από την κρίση της μεταρρύθμισης του 1559-1560: οι κόμητες του Άργκιλ, του Γκλένκαϊρν και του Μόρεϊ. Μόνο τέσσερις από τους συμβούλους ήταν καθολικοί: οι Earls of Atholl, Erroll, Montrose και Huntly, ο οποίος ήταν Lord Chancellor. Η σύγχρονη ιστορικός Jenny Wormald βρήκε αυτό το γεγονός αξιοσημείωτο και πρότεινε ότι η αποτυχία της Μαρίας να διορίσει ένα συμβούλιο που να συμπαθεί τα καθολικά και γαλλικά συμφέροντα ήταν ένδειξη της επικέντρωσής της στον αγγλικό θρόνο, αντί για τα εσωτερικά προβλήματα της Σκωτίας. Ακόμη και η μία σημαντική μεταγενέστερη προσθήκη στο συμβούλιο, ο λόρδος Ρούθβεν τον Δεκέμβριο του 1563, ήταν ένας άλλος προτεστάντης που η Μαρία προσωπικά αντιπαθούσε. Με τον τρόπο αυτό, αναγνώριζε την έλλειψη αποτελεσματικής στρατιωτικής ισχύος της απέναντι στους προτεστάντες λόρδους, ενώ παράλληλα ακολουθούσε μια πολιτική που ενίσχυε τους δεσμούς της με την Αγγλία. Συμμετείχε με τον Μόρεϊ στην καταστροφή του κορυφαίου καθολικού μεγιστάνα της Σκωτίας, λόρδου Χάντλι, το 1562, αφού αυτός ηγήθηκε εξέγερσης εναντίον της στα Χάιλαντς.
Η Μαρία έστειλε τον William Maitland του Lethington ως πρεσβευτή στην αγγλική αυλή για να υποστηρίξει τη θέση της Μαρίας ως πιθανής διαδόχου του αγγλικού θρόνου. Η Ελισάβετ αρνήθηκε να κατονομάσει έναν πιθανό διάδοχο, φοβούμενη ότι αυτό θα προσκαλούσε σε συνωμοσία για την εκτόπισή της από τον προτεινόμενο διάδοχο. Ωστόσο, διαβεβαίωσε τον Μέιτλαντ ότι δεν γνώριζε κανέναν με καλύτερες αξιώσεις από τη Μαρία. Στα τέλη του 1561 και στις αρχές του 1562, έγιναν διευθετήσεις για να συναντηθούν οι δύο βασίλισσες στην Αγγλία στο Γιορκ ή στο Νότιγχαμ τον Αύγουστο ή τον Σεπτέμβριο του 1562. Τον Ιούλιο, η Ελισάβετ έστειλε τον σερ Χένρι Σίντνεϊ να ακυρώσει την επίσκεψη της Μαρίας λόγω του εμφυλίου πολέμου στη Γαλλία.
Στη συνέχεια, η Μαρία έστρεψε την προσοχή της στην αναζήτηση ενός νέου συζύγου από τους βασιλείς της Ευρώπης. Όταν ο θείος της, ο καρδινάλιος της Λωρραίνης, άρχισε διαπραγματεύσεις με τον αρχιδούκα Κάρολο της Αυστρίας χωρίς τη συγκατάθεσή της, εκείνη διαφώνησε οργισμένα και οι διαπραγματεύσεις ναυάγησαν. Η δική της προσπάθεια να διαπραγματευτεί έναν γάμο με τον Δον Κάρλος, τον διανοητικά ασταθή διάδοχο του βασιλιά Φίλιππου Β΄ της Ισπανίας, απορρίφθηκε από τον Φίλιππο. Η Ελισάβετ προσπάθησε να εξουδετερώσει τη Μαρία προτείνοντάς της να παντρευτεί τον Άγγλο προτεστάντη Ρόμπερτ Ντάντλεϊ, 1ο κόμη του Λέστερ. Ο Ντάντλεϊ ήταν κουνιάδος του σερ Χένρι Σίντνεϊ και ο αγαπημένος της ίδιας της αγγλικής βασίλισσας, τον οποίο η Ελισάβετ εμπιστευόταν και πίστευε ότι μπορούσε να ελέγξει. Έστειλε έναν πρεσβευτή, τον Τόμας Ράντολφ, για να πει στη Μαρία ότι αν παντρευόταν έναν Άγγλο ευγενή, η Ελισάβετ "θα προχωρούσε στην εξέταση του δικαιώματος και του τίτλου της να είναι η επόμενη ξαδέλφη και διάδοχός μας". Η πρόταση δεν κατέληξε σε τίποτε, και όχι μόνο επειδή ο προβλεπόμενος γαμπρός ήταν απρόθυμος.
Αντίθετα, ένας Γάλλος ποιητής στην αυλή της Μαρίας, ο Pierre de Boscosel de Chastelard, ήταν προφανώς ερωτευμένος με τη Μαρία. Στις αρχές του 1563, ανακαλύφθηκε κατά τη διάρκεια μιας έρευνας ασφαλείας κρυμμένος κάτω από το κρεβάτι της, προφανώς σχεδιάζοντας να την αιφνιδιάσει όταν θα ήταν μόνη της και να της δηλώσει τον έρωτά του. Η Μαρία τρομοκρατήθηκε και τον εξόρισε από τη Σκωτία. Εκείνος αγνόησε το διάταγμα. Δύο ημέρες αργότερα, εισέβαλε με τη βία στο δωμάτιό της την ώρα που εκείνη ετοιμαζόταν να γδυθεί. Εκείνη αντέδρασε με οργή και φόβο. Όταν ο Μορέι όρμησε στο δωμάτιο αφού άκουσε τις κραυγές της για βοήθεια, φώναξε: "Σπρώξε το στιλέτο σου στον κακούργο!". Ο Moray αρνήθηκε, καθώς ο Chastelard ήταν ήδη περιορισμένος. Ο Chastelard δικάστηκε για προδοσία και αποκεφαλίστηκε. Ο Μέιτλαντ ισχυρίστηκε ότι ο ενθουσιασμός του Chastelard ήταν προσποιητός και ότι ήταν μέρος μιας συνωμοσίας των Ουγενότων για να δυσφημίσουν τη Μαρία αμαυρώνοντας τη φήμη της.
Η Μαρία είχε συναντήσει για λίγο τον αγγλικής καταγωγής ετεροθαλή ξάδελφό της Χένρι Στιούαρτ, λόρδο Ντάρνλεϊ, τον Φεβρουάριο του 1561, όταν εκείνη πενθούσε για τον Φράνσις. Οι γονείς του Darnley, ο κόμης και η κόμισσα του Lennox, ήταν Σκωτσέζοι αριστοκράτες καθώς και Άγγλοι γαιοκτήμονες. Τον έστειλαν στη Γαλλία δήθεν για να του εκφράσουν τα συλλυπητήριά τους, ενώ παράλληλα ήλπιζαν σε ένα πιθανό προξενιό μεταξύ του γιου τους και της Μαρίας. Τόσο η Μαίρη όσο και ο Ντάρνλεϊ ήταν εγγόνια της Μαργαρίτας Τούντορ, αδελφής του Ερρίκου Η΄ της Αγγλίας, και πατρικοί απόγονοι των Υψηλών Στέργιων της Σκωτίας.
Ο Ντάρνλεϊ μοιράστηκε μια πιο πρόσφατη καταγωγή Stewart με την οικογένεια Χάμιλτον ως απόγονος της Μαίρης Stewart, κόμισσας του Άραν, κόρης του Ιακώβου Β' της Σκωτίας. Η επόμενη συνάντησή τους έγινε το Σάββατο 17 Φεβρουαρίου 1565 στο κάστρο Wemyss στη Σκωτία. Η Μαίρη ερωτεύτηκε το "μακρύ παλικάρι", όπως τον αποκαλούσε η βασίλισσα Ελισάβετ, καθώς ήταν πάνω από 1,80 μ. ψηλός. Παντρεύτηκαν στο παλάτι του Χόλιρουντ στις 29 Ιουλίου 1565, παρόλο που και οι δύο ήταν καθολικοί και δεν είχε ληφθεί παπική απαλλαγή για τον γάμο πρώτων εξαδέλφων.
Οι Άγγλοι πολιτικοί Γουίλιαμ Σέσιλ και ο κόμης του Λέστερ είχαν εργαστεί για να αποκτήσει ο Ντάρνλεϊ την άδεια να ταξιδέψει στη Σκωτία από το σπίτι του στην Αγγλία. Παρόλο που οι σύμβουλοί της είχαν φέρει το ζευγάρι κοντά, η Ελισάβετ ένιωθε να απειλείται από τον γάμο, επειδή ως απόγονοι της θείας της, τόσο η Μαίρη όσο και ο Ντάρνλεϊ διεκδικούσαν τον αγγλικό θρόνο. Τα παιδιά τους, αν υπήρχαν, θα κληρονομούσαν μια ακόμη ισχυρότερη, συνδυασμένη διεκδίκηση. Η επιμονή της Μαίρης στον γάμο φαίνεται ότι προερχόταν μάλλον από πάθος παρά από υπολογισμό- ο Άγγλος πρεσβευτής Nicholas Throckmorton δήλωσε ότι "η παροιμία είναι ότι σίγουρα προσθέτει ότι ο γάμος θα μπορούσε να αποτραπεί μόνο "με βία". Η ένωση εξόργισε την Ελισάβετ, η οποία θεώρησε ότι ο γάμος δεν έπρεπε να προχωρήσει χωρίς την άδειά της, καθώς ο Ντάρνλεϊ ήταν ταυτόχρονα ξάδελφός της και Άγγλος υπήκοος.
Ο γάμος της Μαρίας με έναν κορυφαίο καθολικό οδήγησε τον ετεροθαλή αδελφό της Μαρίας, τον κόμη του Moray, να ενωθεί με άλλους προτεστάντες λόρδους, συμπεριλαμβανομένων των λόρδων Argyll και Glencairn, σε ανοιχτή εξέγερση. Η Μαρία ξεκίνησε από το Εδιμβούργο στις 26 Αυγούστου 1565 για να τους αντιμετωπίσει. Στις 30 του μηνός, ο Μορέι μπήκε στο Εδιμβούργο, αλλά έφυγε αμέσως μετά, αφού απέτυχε να καταλάβει το κάστρο. Η Μαρία επέστρεψε στο Εδιμβούργο τον επόμενο μήνα για να συγκεντρώσει περισσότερα στρατεύματα. Σε αυτό που έμεινε γνωστό ως επιδρομή του Τσέιζμποουτ, η Μαρία με τις δυνάμεις της και ο Μόρεϊ με τους επαναστατημένους λόρδους περιπλανήθηκαν στη Σκωτία χωρίς ποτέ να εμπλακούν σε άμεση μάχη. Οι αριθμοί της Μαίρης ενισχύθηκαν από την απελευθέρωση και την αποκατάσταση στην εύνοια του γιου του λόρδου Χάντλι και την επιστροφή του Τζέιμς Χέπμπερν, 4ου κόμη του Μπόθγουελ, από την εξορία στη Γαλλία. Μη μπορώντας να συγκεντρώσει επαρκή υποστήριξη, ο Moray εγκατέλειψε τη Σκωτία τον Οκτώβριο για άσυλο στην Αγγλία. ...
Σε λίγο καιρό, ο Darnley έγινε αλαζόνας. Δεν αρκέστηκε στη θέση του ως βασιλικού συζύγου, απαίτησε το γαμικό στέμμα, το οποίο θα τον καθιστούσε συγκυρίαρχο της Σκωτίας με το δικαίωμα να κρατήσει τον σκωτσέζικο θρόνο για τον εαυτό του, αν ζούσε περισσότερο από τη σύζυγό του. Η Μαρία αρνήθηκε το αίτημά του και ο γάμος τους έγινε τεταμένος, αν και συνέλαβαν τον Οκτώβριο του 1565. Εκείνος ζήλευε τη φιλία της με τον καθολικό προσωπικό της γραμματέα, τον Ντέιβιντ Ρίζιο, ο οποίος φημολογούνταν ότι ήταν ο πατέρας του παιδιού της. Μέχρι τον Μάρτιο του 1566, ο Ντάρνλεϊ είχε μπει σε μυστική συνωμοσία με προτεστάντες λόρδους, συμπεριλαμβανομένων των ευγενών που είχαν επαναστατήσει εναντίον της Μαρίας στην επιδρομή του Τσέιζαμπουτ. Στις 9 Μαρτίου, μια ομάδα των συνωμοτών με τη συνοδεία του Ντάρνλεϊ δολοφόνησε τον Ρίζιο μπροστά στην έγκυο Μαρία σε ένα δείπνο στο παλάτι του Χόλιρουντ. Τις επόμενες δύο ημέρες, ο απογοητευμένος Ντάρνλεϊ άλλαξε στρατόπεδο και η Μαίρη υποδέχτηκε τον Μόρεϊ στο Χόλιρουντ. Τη νύχτα της 11ης προς 12η Μαρτίου, ο Ντάρνλεϊ και η Μαίρη δραπέτευσαν από το παλάτι. Βρήκαν προσωρινό καταφύγιο στο κάστρο του Ντάνμπαρ πριν επιστρέψουν στο Εδιμβούργο στις 18 Μαρτίου. Οι πρώην επαναστάτες λόρδοι Moray, Argyll και Glencairn αποκαταστάθηκαν στο συμβούλιο.
Δολοφονία του Darnley
Ο γιος της Mary από τον Darnley, James, γεννήθηκε στις 19 Ιουνίου 1566 στο Κάστρο του Εδιμβούργου. Ωστόσο, η δολοφονία του Ρίζιο οδήγησε στη διάλυση του γάμου της. Τον Οκτώβριο του 1566, ενώ έμενε στο Τζέντμπουργκ στα σκωτσέζικα σύνορα, η Μαίρη έκανε ένα ταξίδι με άλογο τουλάχιστον τεσσάρων ωρών για κάθε διαδρομή, για να επισκεφθεί τον κόμη του Μπόθγουελ στο κάστρο Ερμιτάζ, όπου βρισκόταν άρρωστος από τραύματα που είχε υποστεί σε συμπλοκή με συνοριακούς αντάρτες. Η βόλτα αυτή χρησιμοποιήθηκε αργότερα από τους εχθρούς της Μαρίας ως απόδειξη ότι οι δύο τους ήταν εραστές, αν και δεν είχαν εκφραστεί τότε υποψίες και η Μαρία συνοδευόταν από τους συμβούλους και τους φρουρούς της.
Αμέσως μετά την επιστροφή της στο Jedburgh, υπέστη σοβαρή ασθένεια που περιελάμβανε συχνούς εμετούς, απώλεια όρασης, απώλεια λόγου, σπασμούς και περιόδους απώλειας των αισθήσεων. Θεωρήθηκε ότι πέθαινε. Η ανάρρωσή της από τις 25 Οκτωβρίου και μετά πιστώθηκε στις ικανότητες των Γάλλων γιατρών της. Η αιτία της ασθένειάς της είναι άγνωστη. Οι πιθανές διαγνώσεις περιλαμβάνουν τη σωματική εξάντληση και το ψυχικό στρες, καθώς και την πορφυρία.
Στο κάστρο Craigmillar, κοντά στο Εδιμβούργο, στα τέλη Νοεμβρίου 1566, η Μαρία και κορυφαίοι ευγενείς πραγματοποίησαν συνάντηση για να συζητήσουν το "πρόβλημα του Darnley". Συζητήθηκε το διαζύγιο, αλλά πιθανότατα ορκίστηκε ένας δεσμός μεταξύ των παρόντων λόρδων για την απομάκρυνση του Ντάρνλεϊ με άλλα μέσα: "Θεωρήθηκε σκόπιμο και πιο ωφέλιμο για τον κοινό πλούτο ... να μη βασιλεύει ή να μην έχει εξουσία πάνω τους ένας τόσο νεαρός ανόητος και υπερήφανος τύραννος- ... να τον απομακρύνουν με τον έναν ή τον άλλο τρόπο και όποιος πάρει την πράξη στα χέρια του ή την κάνει, να τον υπερασπιστούν". Ο Ντάρνλεϊ φοβήθηκε για την ασφάλειά του και μετά τη βάπτιση του γιου του στο Στίρλινγκ και λίγο πριν από τα Χριστούγεννα, πήγε στη Γλασκώβη για να μείνει στα κτήματα του πατέρα του. Κατά την έναρξη του ταξιδιού, προσβλήθηκε από πυρετό - πιθανώς ευλογιά, σύφιλη ή αποτέλεσμα δηλητηρίου. Παρέμεινε άρρωστος για μερικές εβδομάδες.
Στα τέλη Ιανουαρίου του 1567, η Μαρία παρακίνησε τον σύζυγό της να επιστρέψει στο Εδιμβούργο. Ανάρρωσε από την ασθένειά του σε ένα σπίτι που ανήκε στον αδελφό του Sir James Balfour στο πρώην αβαείο Kirk o' Field, ακριβώς μέσα στα τείχη της πόλης. Η Μαίρη τον επισκεπτόταν καθημερινά, οπότε φαινόταν ότι βρισκόταν σε εξέλιξη μια συμφιλίωση. Τη νύχτα της 9ης προς 10η Φεβρουαρίου 1567, η Μαίρη επισκέφθηκε τον σύζυγό της νωρίς το βράδυ και στη συνέχεια παρευρέθηκε στους γαμήλιους εορτασμούς ενός μέλους του σπιτιού της, του Bastian Pagez. Τις πρώτες πρωινές ώρες, μια έκρηξη κατέστρεψε το Kirk o' Field. Ο Ντάρνλεϊ βρέθηκε νεκρός στον κήπο, προφανώς πνιγμένος. Δεν υπήρχαν ορατά σημάδια στραγγαλισμού ή βίας στο σώμα. Ο Bothwell, ο Moray, ο υπουργός Maitland, ο κόμης του Morton και η ίδια η Mary ήταν μεταξύ εκείνων που τέθηκαν υπό υποψία. Η Ελισάβετ έγραψε στη Μαίρη για τις φήμες:
Δεν θα μπορούσα να ανταποκριθώ στο αξίωμα ενός πιστού ξαδέλφου ή ενός στοργικού φίλου αν δεν σας έλεγα ... τι σκέφτεται όλος ο κόσμος. Οι άνθρωποι λένε ότι, αντί να συλλάβετε τους δολοφόνους, κοιτάτε μέσα από τα δάχτυλά σας ενώ αυτοί διαφεύγουν- ότι δεν θα ζητήσετε εκδίκηση από εκείνους που σας έκαναν τόση ευχαρίστηση, σαν να μην είχε γίνει ποτέ η πράξη, αν οι δράστες της δεν είχαν εξασφαλίσει την ατιμωρησία. Για τον εαυτό μου, σας παρακαλώ να πιστέψετε ότι δεν θα έτρεφα τέτοια σκέψη.
Μέχρι τα τέλη Φεβρουαρίου, ο Bothwell θεωρούνταν γενικά ένοχος για τη δολοφονία του Darnley. Ο Λένοξ, ο πατέρας του Ντάρνλεϊ, απαίτησε να δικαστεί ο Μπόθγουελ ενώπιον των Estates του Κοινοβουλίου, κάτι στο οποίο συμφώνησε η Μαρία, αλλά το αίτημα του Λένοξ για αναβολή προκειμένου να συγκεντρώσει στοιχεία απορρίφθηκε. Ελλείψει του Λένοξ και χωρίς να παρουσιαστούν στοιχεία, ο Μπόθγουελ αθωώθηκε μετά από επτάωρη δίκη στις 12 Απριλίου. Μια εβδομάδα αργότερα, ο Bothwell κατάφερε να πείσει περισσότερους από δύο δωδεκάδες λόρδους και επισκόπους να υπογράψουν το Ainslie Tavern Bond, με το οποίο συμφωνούσαν να υποστηρίξουν τον στόχο του να παντρευτεί τη βασίλισσα.
Μεταξύ 21 και 23 Απριλίου 1567, η Μαρία επισκέφθηκε για τελευταία φορά τον γιο της στο Στίρλινγκ. Κατά την επιστροφή της στο Εδιμβούργο στις 24 Απριλίου, η Μαρία απήχθη, με τη θέλησή της ή χωρίς, από τον λόρδο Bothwell και τους άνδρες του και μεταφέρθηκε στο κάστρο Dunbar, όπου ενδέχεται να τη βίασε. Στις 6 Μαΐου, η Mary και ο Bothwell επέστρεψαν στο Εδιμβούργο. Στις 15 Μαΐου, είτε στο παλάτι Χόλιρουντ είτε στο αβαείο Χόλιρουντ, παντρεύτηκαν σύμφωνα με τις προτεσταντικές τελετές. Ο Bothwell και η πρώτη του σύζυγος, η Jean Gordon, η οποία ήταν αδελφή του λόρδου Huntly, είχαν πάρει διαζύγιο δώδεκα ημέρες νωρίτερα.
Αρχικά, η Μαρία πίστευε ότι πολλοί ευγενείς υποστήριζαν το γάμο της, αλλά οι σχέσεις γρήγορα χάλασαν μεταξύ του νεοαναδειχθέντος Bothwell (που δημιουργήθηκε δούκας του Orkney) και των πρώην ευγενών του και ο γάμος αποδείχθηκε βαθιά αντιδημοφιλής. Οι καθολικοί θεωρούσαν τον γάμο παράνομο, καθώς δεν αναγνώριζαν το διαζύγιο του Bothwell ή την εγκυρότητα της προτεσταντικής λειτουργίας. Τόσο οι Προτεστάντες όσο και οι Καθολικοί σοκαρίστηκαν που η Μαρία παντρεύτηκε τον άνδρα που κατηγορούνταν για τη δολοφονία του συζύγου της. Ο γάμος ήταν θυελλώδης και η Μαρία απελπίστηκε.
Είκοσι έξι Σκωτσέζοι λόρδοι, γνωστοί ως ομόσπονδοι λόρδοι, στράφηκαν εναντίον της Mary και του Bothwell και συγκρότησαν το δικό τους στρατό. Η Μαίρη και ο Μπόθγουελ αντιμετώπισαν τους λόρδους στο Carberry Hill στις 15 Ιουνίου, αλλά δεν υπήρξε μάχη, καθώς οι δυνάμεις της Μαίρης λιγόστεψαν λόγω λιποταξίας κατά τη διάρκεια των διαπραγματεύσεων. Στον Bothwell δόθηκε ασφαλής διέξοδος από το πεδίο της μάχης. Οι λόρδοι μετέφεραν τη Μαίρη στο Εδιμβούργο, όπου πλήθος θεατών την κατήγγειλε ως μοιχαλίδα και δολοφόνο. Την επόμενη νύχτα, φυλακίστηκε στο κάστρο του Λοχ Λέβεν, σε ένα νησί στη μέση του Λοχ Λέβεν. Μεταξύ 20 και 23 Ιουλίου, η Μαρία απέβαλε δίδυμα. Στις 24 Ιουλίου, αναγκάστηκε να παραιτηθεί υπέρ του ενός έτους γιου της Τζέιμς. ενώ ο Μπόθγουελ οδηγήθηκε στην εξορία. Φυλακίστηκε στη Δανία, τρελάθηκε και πέθανε το 1578.
Στις 2 Μαΐου 1568, η Mary δραπέτευσε από το κάστρο Loch Leven με τη βοήθεια του George Douglas, αδελφού του Sir William Douglas, ιδιοκτήτη του κάστρου. Καταφέρνοντας να συγκεντρώσει στρατό 6.000 ανδρών, αντιμετώπισε τις μικρότερες δυνάμεις του Moray στη μάχη του Langside στις 13 Μαΐου. Ηττήθηκε και κατέφυγε νότια. Αφού διανυκτέρευσε στο αβαείο Νταντρέναν, διέσχισε το Σόλγουεϊ Φιρτ προς την Αγγλία με αλιευτικό σκάφος στις 16 Μαΐου. Αποβιβάστηκε στο Workington στο Κάμπερλαντ της βόρειας Αγγλίας και διανυκτέρευσε στο Workington Hall. Στις 18 Μαΐου, οι τοπικοί αξιωματούχοι την έθεσαν υπό προστατευτική κράτηση στο Κάστρο του Καρλάιλ.
Η Μαρία προφανώς περίμενε από την Ελισάβετ να τη βοηθήσει να ανακτήσει το θρόνο της. Η Ελισάβετ ήταν επιφυλακτική, διατάσσοντας έρευνα για τη συμπεριφορά των ομόσπονδων λόρδων και για το ερώτημα αν η Μαρία ήταν ένοχη για τη δολοφονία του Ντάρνλεϊ. Στα μέσα Ιουλίου του 1568, οι αγγλικές αρχές μετέφεραν τη Μαρία στο κάστρο Μπόλτον, επειδή βρισκόταν πιο μακριά από τα σκωτσέζικα σύνορα αλλά όχι πολύ κοντά στο Λονδίνο. Τα ρούχα της Mary, που στάλθηκαν από το κάστρο Loch Leven, έφτασαν στις 20 Ιουλίου. Μια εξεταστική επιτροπή, ή διάσκεψη, όπως ήταν γνωστή, πραγματοποιήθηκε στο Γιορκ και αργότερα στο Γουέστμινστερ μεταξύ Οκτωβρίου 1568 και Ιανουαρίου 1569. Στη Σκωτία, οι υποστηρικτές της διεξήγαγαν εμφύλιο πόλεμο εναντίον του αντιβασιλέα Μορέι και των διαδόχων του.
Γράμματα φέρετρου
Ως χρισμένη βασίλισσα, η Μαρία αρνήθηκε να αναγνωρίσει την εξουσία οποιουδήποτε δικαστηρίου να την δικάσει. Αρνήθηκε να παραστεί προσωπικά στην έρευνα στο Γιορκ, αλλά έστειλε αντιπροσώπους. Η Ελισάβετ απαγόρευσε την παρουσία της ούτως ή άλλως. Ως αποδεικτικά στοιχεία κατά της Μαρίας, ο Moray παρουσίασε τις λεγόμενες επιστολές του κασετίνου - οκτώ ανυπόγραφες επιστολές που υποτίθεται ότι ήταν από τη Μαρία προς τον Bothwell, δύο γαμήλια συμβόλαια και ένα ερωτικό σονέτο ή σονέτα. Όλα λέγεται ότι βρέθηκαν σε ένα ασημένιο επιχρυσωμένο φέρετρο μήκους μόλις λιγότερο από ένα πόδι (30 cm) και διακοσμημένο με το μονόγραμμα του βασιλιά Φραγκίσκου Β'. Η Μαρία αρνήθηκε ότι τα έγραψε και επέμεινε ότι ήταν πλαστά, υποστηρίζοντας ότι ο γραφικός της χαρακτήρας δεν ήταν δύσκολο να μιμηθεί. Πιστεύεται ευρέως ότι είναι κρίσιμα ως προς το αν η Μαρία συμμετείχε στην ενοχή για τη δολοφονία του Ντάρνλεϊ. Ο πρόεδρος της εξεταστικής επιτροπής, ο δούκας του Νόρφολκ, τις χαρακτήρισε φρικτές επιστολές και ποικίλες τρυφερές μπαλάντες. Έστειλε αντίγραφα στην Ελισάβετ, λέγοντας ότι αν ήταν γνήσια, θα μπορούσαν να αποδείξουν την ενοχή της Μαρίας.
Η γνησιότητα των επιστολών του φέρετρου έχει αποτελέσει πηγή πολλών διαφωνιών μεταξύ των ιστορικών. Είναι αδύνατο να αποδειχθεί σήμερα οποιαδήποτε από τις δύο πλευρές. Τα πρωτότυπα, γραμμένα στα γαλλικά, καταστράφηκαν ενδεχομένως το 1584 από τον γιο της Μαρίας. Τα σωζόμενα αντίγραφα, στα γαλλικά ή μεταφρασμένα στα αγγλικά, δεν αποτελούν ένα πλήρες σύνολο. Υπάρχουν ελλιπείς έντυπες μεταγραφές στα αγγλικά, σκωτσέζικα, γαλλικά και λατινικά από τη δεκαετία του 1570. Άλλα έγγραφα που εξετάστηκαν περιλαμβάνουν το διαζύγιο του Bothwell από την Jean Gordon. Ο Moray είχε στείλει τον Σεπτέμβριο έναν αγγελιοφόρο στο Dunbar για να πάρει αντίγραφο της διαδικασίας από τα μητρώα της πόλης.
Οι βιογράφοι της Mary, όπως η Antonia Fraser, η Alison Weir και ο John Guy, έχουν καταλήξει στο συμπέρασμα ότι είτε τα έγγραφα ήταν πλήρεις πλαστογραφίες, είτε ενοχοποιητικά αποσπάσματα είχαν εισαχθεί σε γνήσιες επιστολές, είτε οι επιστολές είχαν γραφτεί στον Bothwell από διαφορετικό πρόσωπο ή είχαν γραφτεί από τη Mary σε διαφορετικό πρόσωπο. Ο Guy επισημαίνει ότι οι επιστολές είναι ασύνδετες και ότι η γαλλική γλώσσα και γραμματική που χρησιμοποιείται στα σονέτα είναι πολύ φτωχή για έναν συγγραφέα με τη μόρφωση της Mary, αλλά ορισμένες φράσεις στις επιστολές, συμπεριλαμβανομένων στίχων στο ύφος του Ronsard, και ορισμένα χαρακτηριστικά του ύφους είναι συμβατά με γνωστά γραπτά της Mary.
Οι επιστολές με τα φέρετρα δεν εμφανίστηκαν δημοσίως μέχρι τη Διάσκεψη του 1568, αν και το σκωτσέζικο μυστικό συμβούλιο τις είχε δει από τον Δεκέμβριο του 1567. Η Μαρία είχε αναγκαστεί να παραιτηθεί και κρατήθηκε αιχμάλωτη για το μεγαλύτερο μέρος ενός έτους στη Σκωτία. Οι επιστολές δεν δημοσιοποιήθηκαν ποτέ για να υποστηρίξουν τη φυλάκιση και την αναγκαστική παραίτησή της. Η ιστορικός Jenny Wormald πιστεύει ότι αυτή η απροθυμία των Σκωτσέζων να παραδώσουν τις επιστολές και η καταστροφή τους το 1584, ανεξάρτητα από το περιεχόμενό τους, αποτελούν απόδειξη ότι περιείχαν πραγματικά στοιχεία εναντίον της Μαρίας. Αντίθετα, η Weir πιστεύει ότι αποδεικνύει ότι οι λόρδοι χρειάζονταν χρόνο για να τις κατασκευάσουν. Τουλάχιστον ορισμένοι από τους συγχρόνους της Μαρίας που είδαν τις επιστολές δεν είχαν καμία αμφιβολία ότι ήταν γνήσιες. Ανάμεσά τους ήταν ο δούκας του Νόρφολκ, ο οποίος συνωμότησε κρυφά να παντρευτεί τη Μαρία κατά τη διάρκεια της ανάθεσης, αν και το αρνήθηκε όταν η Ελισάβετ αναφέρθηκε στα σχέδια γάμου του, λέγοντας ότι "είχε σκοπό να μην παντρευτεί ποτέ με πρόσωπο, όπου δεν μπορούσε να είναι σίγουρος για το μαξιλάρι του".
Η πλειοψηφία των επιτρόπων αποδέχθηκε τις επιστολές του φέρετρου ως γνήσιες μετά από μελέτη του περιεχομένου τους και σύγκριση της γραφής με δείγματα του γραφικού χαρακτήρα της Μαρίας. Η Ελισάβετ, όπως επιθυμούσε, ολοκλήρωσε την έρευνα με την ετυμηγορία ότι τίποτα δεν είχε αποδειχθεί εναντίον ούτε των ομόσπονδων λόρδων ούτε της Μαρίας. Για επιτακτικούς πολιτικούς λόγους, η Ελισάβετ δεν επιθυμούσε ούτε να καταδικάσει ούτε να αθωώσει τη Μαρία για φόνο. Ποτέ δεν υπήρχε πρόθεση να προχωρήσει δικαστικά- η διάσκεψη είχε ως σκοπό μια πολιτική άσκηση. Τελικά, ο Moray επέστρεψε στη Σκωτία ως αντιβασιλέας και η Μαρία παρέμεινε υπό κράτηση στην Αγγλία. Η Ελισάβετ είχε καταφέρει να διατηρήσει μια προτεσταντική κυβέρνηση στη Σκωτία, χωρίς ούτε να καταδικάσει ούτε να απελευθερώσει τη συνάδελφό της ηγεμόνα. Κατά τη γνώμη του Φρέιζερ, επρόκειτο για μια από τις πιο παράξενες "δίκες" στη νομική ιστορία, η οποία έληξε χωρίς να διαπιστωθεί η ενοχή κανενός από τα δύο μέρη, ενώ ο ένας από τους δύο επέτρεψε να επιστρέψει στη Σκωτία, ενώ ο άλλος παρέμεινε υπό κράτηση.
Οικόπεδα
Στις 26 Ιανουαρίου 1569, η Μαρία μεταφέρθηκε στο Κάστρο Τούτμπουρι και τέθηκε υπό την επιμέλεια του κόμη του Σριούσμπουρι και της τρομερής συζύγου του Μπες του Χάρντγουικ. Η Ελισάβετ θεώρησε ότι τα σχέδια της Μαρίας για τον αγγλικό θρόνο αποτελούσαν σοβαρή απειλή και γι' αυτό την περιόρισε στις ιδιοκτησίες του Σριούσμπερι, μεταξύ των οποίων το Τούτμπερι, το Κάστρο του Σέφιλντ, το Sheffield Manor Lodge, το Wingfield Manor και το Chatsworth House, που βρίσκονταν όλα στο εσωτερικό της Αγγλίας, στα μισά του δρόμου μεταξύ Σκωτίας και Λονδίνου και μακριά από τη θάλασσα.
Η Μαρία είχε το δικό της οικιακό προσωπικό, το οποίο δεν ήταν ποτέ λιγότερο από 16 άτομα. Χρειαζόταν 30 κάρα για να μεταφέρει τα υπάρχοντά της από σπίτι σε σπίτι. Τα δωμάτιά της ήταν διακοσμημένα με ωραίες ταπισερί και χαλιά, καθώς και με το επίσημο πανί της, στο οποίο είχε κεντήσει τη γαλλική φράση En ma fin est mon commencement ("Στο τέλος μου βρίσκεται η αρχή μου"), ενώ οι δικοί της σεφ ετοίμαζαν τα γεύματα με μια επιλογή από 32 πιάτα που σερβίρονταν σε ασημένια πιάτα. Της επιτρεπόταν περιστασιακά να βγαίνει έξω υπό αυστηρή επίβλεψη, περνούσε επτά καλοκαίρια στην λουτρόπολη Buxton και περνούσε μεγάλο μέρος του χρόνου της ασχολούμενη με το κέντημα. Η υγεία της εξασθένησε, ίσως λόγω πορφυρίας ή έλλειψης άσκησης. Μέχρι τη δεκαετία του 1580, είχε σοβαρούς ρευματισμούς στα άκρα της, που την καθιστούσαν κουτσή.
Τον Μάιο του 1569, η Ελισάβετ προσπάθησε να μεσολαβήσει για την αποκατάσταση της Μαρίας με αντάλλαγμα εγγυήσεις για την προτεσταντική θρησκεία, αλλά μια συνέλευση που πραγματοποιήθηκε στο Περθ απέρριψε τη συμφωνία με συντριπτική πλειοψηφία. Ο Νόρφολκ συνέχισε να σχεδιάζει έναν γάμο με τη Μαρία και η Ελισάβετ τον φυλάκισε στον Πύργο του Λονδίνου μεταξύ Οκτωβρίου 1569 και Αυγούστου 1570. Στις αρχές του επόμενου έτους, ο Μόρεϊ δολοφονήθηκε. Ο θάνατός του συνέπεσε με μια εξέγερση στη Βόρεια Αγγλία, υπό την ηγεσία καθολικών κόμηδων, η οποία έπεισε την Ελισάβετ ότι η Μαρία αποτελούσε απειλή. Τα αγγλικά στρατεύματα επενέβησαν στον εμφύλιο πόλεμο της Σκωτίας, εδραιώνοντας την εξουσία των αντιμαριακών δυνάμεων. Οι κύριοι γραμματείς της Ελισάβετ, ο σερ Φράνσις Γουόλσινχαμ και ο Γουίλιαμ Σέσιλ, λόρδος Μπέρκλεϊ, παρακολουθούσαν προσεκτικά τη Μαρία με τη βοήθεια κατασκόπων που είχαν τοποθετηθεί στο σπίτι της.
Το 1571, ο Cecil και ο Walsingham αποκάλυψαν τη συνωμοσία Ridolfi, ένα σχέδιο αντικατάστασης της Ελισάβετ από τη Μαρία με τη βοήθεια ισπανικών στρατευμάτων και του δούκα του Norfolk. Ο Νόρφολκ εκτελέστηκε και το αγγλικό Κοινοβούλιο εισήγαγε νομοσχέδιο που απέκλειε τη Μαρία από το θρόνο, στο οποίο η Ελισάβετ αρνήθηκε να δώσει τη βασιλική συγκατάθεση. Για να δυσφημιστεί η Μαρία, δημοσιεύτηκαν στο Λονδίνο οι επιστολές της κασετίνας. Οι συνωμοσίες με επίκεντρο τη Μαρία συνεχίστηκαν. Ο Πάπας Γρηγόριος ΙΓ' ενέκρινε ένα σχέδιο στο δεύτερο μισό της δεκαετίας του 1570 να την παντρέψει με τον κυβερνήτη των Κάτω Χωρών και νόθο ετεροθαλή αδελφό του Φιλίππου Β' της Ισπανίας, Ιωάννη της Αυστρίας, ο οποίος υποτίθεται ότι θα οργάνωνε την εισβολή στην Αγγλία από τις ισπανικές Κάτω Χώρες. Μετά τη συνωμοσία Throckmorton του 1583, ο Walsingham εισήγαγε το Bond of Association και την Πράξη για την ασφάλεια της βασίλισσας, η οποία ενέκρινε τη δολοφονία οποιουδήποτε συνωμοτούσε εναντίον της Ελισάβετ και αποσκοπούσε στο να αποτρέψει έναν υποτιθέμενο διάδοχο να επωφεληθεί από τη δολοφονία της.
Το 1584, η Μαρία πρότεινε μια "ένωση" με τον γιο της, τον Τζέιμς. Ανακοίνωσε ότι ήταν έτοιμη να παραμείνει στην Αγγλία, να αποκηρύξει τον αφορισμό του Πάπα και να αποσυρθεί, εγκαταλείποντας τις διεκδικήσεις της για το αγγλικό στέμμα. Προσφέρθηκε επίσης να συμμετάσχει σε μια επιθετική συμμαχία κατά της Γαλλίας. Για τη Σκωτία, πρότεινε γενική αμνηστία, συμφώνησε να παντρευτεί ο Ιάκωβος με τη γνώση της Ελισάβετ και δέχθηκε να μην υπάρξει αλλαγή στη θρησκεία. Μοναδικός της όρος ήταν η άμεση ελάφρυνση των συνθηκών της αιχμαλωσίας της. Ο Ιάκωβος συμφώνησε για λίγο με την ιδέα, αλλά τελικά την απέρριψε και υπέγραψε συνθήκη συμμαχίας με την Ελισάβετ, εγκαταλείποντας τη μητέρα του. Η Ελισάβετ απέρριψε επίσης τη συμμαχία επειδή δεν εμπιστευόταν τη Μαρία ότι θα σταματούσε να συνωμοτεί εναντίον της κατά τη διάρκεια των διαπραγματεύσεων.
Τον Φεβρουάριο του 1585, ο William Parry καταδικάστηκε για συνωμοσία με σκοπό τη δολοφονία της Ελισάβετ, χωρίς να το γνωρίζει η Μαρία, αν και ο πράκτοράς της Thomas Morgan είχε εμπλακεί. Τον Απρίλιο, η Μαίρη τέθηκε υπό την αυστηρότερη επιτήρηση του σερ Αμίανς Πολέτ. Τα Χριστούγεννα, μεταφέρθηκε σε ένα υδραυλικό αρχοντικό στο Chartley.
Δοκιμή
Στις 11 Αυγούστου 1586, αφού εμπλέκεται στη συνωμοσία του Babington, η Mary συνελήφθη ενώ έκανε ιππασία και οδηγήθηκε στο Tixall Hall στο Staffordshire. Σε μια επιτυχημένη προσπάθεια να την παγιδεύσει, ο Γουόλσινχαμ είχε σκόπιμα κανονίσει να βγουν λαθραία τα γράμματα της Μαρίας από το Τσάρτλεϊ. Η Μαίρη παραπλανήθηκε νομίζοντας ότι τα γράμματά της ήταν ασφαλή, ενώ στην πραγματικότητα αποκρυπτογραφήθηκαν και διαβάστηκαν από τον Walsingham. Από τις επιστολές αυτές ήταν σαφές ότι η Μαρία είχε εγκρίνει την απόπειρα δολοφονίας της Ελισάβετ.
Η Mary μεταφέρθηκε στο Fotheringhay Castle σε ένα τετραήμερο ταξίδι που ολοκληρώθηκε στις 25 Σεπτεμβρίου. Τον Οκτώβριο δικάστηκε για προδοσία βάσει του νόμου για την ασφάλεια της βασίλισσας ενώπιον δικαστηρίου 36 ευγενών, μεταξύ των οποίων οι Cecil, Shrewsbury και Walsingham. Με σθένος στην υπεράσπισή της, η Μαρία αρνήθηκε τις κατηγορίες. Είπε στους δικαστές της: "Κοιτάξτε τη συνείδησή σας και θυμηθείτε ότι το θέατρο όλου του κόσμου είναι ευρύτερο από το βασίλειο της Αγγλίας". Διαμαρτυρήθηκε ότι δεν της δόθηκε η ευκαιρία να εξετάσει τα αποδεικτικά στοιχεία, ότι της είχαν αφαιρεθεί τα έγγραφά της, ότι δεν είχε πρόσβαση σε νομικό σύμβουλο και ότι ως αλλοδαπή χρισμένη βασίλισσα δεν υπήρξε ποτέ Αγγλίδα υπήκοος και συνεπώς δεν μπορούσε να καταδικαστεί για προδοσία.
Καταδικάστηκε σε θάνατο στις 25 Οκτωβρίου και μόνο ένας επίτροπος, ο λόρδος Zouche, εξέφρασε οποιαδήποτε μορφή διαφωνίας. Παρ' όλα αυτά, η Ελισάβετ δίστασε να διατάξει την εκτέλεσή της, ακόμη και όταν το αγγλικό κοινοβούλιο πίεζε να εκτελέσει την ποινή. Ανησυχούσε ότι η δολοφονία μιας βασίλισσας αποτελούσε δυσφημιστικό προηγούμενο και φοβόταν τις συνέπειες, ιδίως αν, σε αντίποινα, ο γιος της Μαρίας, ο Ιάκωβος, σχημάτιζε συμμαχία με τις καθολικές δυνάμεις και εισέβαλε στην Αγγλία.
Η Ελισάβετ ρώτησε τον Paulet, τον τελικό θεματοφύλακα της Μαρίας, αν θα μπορούσε να επινοήσει έναν μυστικό τρόπο για να "συντομεύσει τη ζωή" της Μαρίας, κάτι που εκείνος αρνήθηκε να κάνει με το σκεπτικό ότι δεν θα έκανε "ναυάγιο στη συνείδησή μου ή θα άφηνε ένα τόσο μεγάλο στίγμα στους φτωχούς μου απογόνους". Την 1η Φεβρουαρίου 1587, η Ελισάβετ υπέγραψε το ένταλμα θανάτου και το ανέθεσε στον Ουίλιαμ Ντέιβισον, έναν μυστικό σύμβουλο. δέκα μέλη του μυστικού συμβουλίου της Αγγλίας, που κλήθηκαν από τον Σέσιλ εν αγνοία της Ελισάβετ, αποφάσισαν να εκτελέσουν αμέσως την ποινή.
Εκτέλεση
Στο Fotheringhay, το βράδυ της 7ης Φεβρουαρίου 1587, η Μαρία πληροφορήθηκε ότι επρόκειτο να εκτελεστεί το επόμενο πρωί. Πέρασε τις τελευταίες ώρες της ζωής της προσευχόμενη, μοιράζοντας τα υπάρχοντά της στους οικείους της και γράφοντας τη διαθήκη της και μια επιστολή προς τον βασιλιά της Γαλλίας. Το ικρίωμα που στήθηκε στη Μεγάλη Αίθουσα ήταν ντυμένο με μαύρο ύφασμα. Έφτανε από δύο ή τρία σκαλοπάτια και ήταν εξοπλισμένη με το μπλοκ, ένα μαξιλάρι για να γονατίζει και τρία σκαμνιά για την ίδια και τους κόμητες του Σριούσμπερι και του Κεντ, που βρίσκονταν εκεί για να παρακολουθήσουν την εκτέλεση.
Ο δήμιος Μπουλ και ο βοηθός του γονάτισαν μπροστά της και της ζήτησαν συγχώρεση, καθώς ήταν τυπικό για τον δήμιο να ζητά συγχώρεση από αυτόν που θανατώνεται. Η Μαρία απάντησε: "Σας συγχωρώ με όλη μου την καρδιά, γιατί τώρα, ελπίζω, θα δώσετε τέλος σε όλα μου τα προβλήματα". Οι υπηρέτριές της, η Τζέιν Κένεντι και η Ελίζαμπεθ Κερλ, και οι δήμιοι βοήθησαν τη Μαρία να βγάλει τα εξωτερικά της ρούχα, αποκαλύπτοντας ένα βελούδινο μεσοφόρι και ένα ζευγάρι μανίκια σε βυσσινί καφέ χρώμα, το λειτουργικό χρώμα του μαρτυρίου στην Καθολική Εκκλησία, με μαύρο σατέν μπούστο και μαύρα στολίδια. Καθώς γδυνόταν η Μαρία χαμογέλασε και είπε ότι "ποτέ πριν δεν είχε τέτοιους γαμπρούς ... ούτε έβγαλε ποτέ τα ρούχα της μπροστά σε τέτοια παρέα". Της έκλεισε τα μάτια ο Κένεντι με ένα λευκό πέπλο κεντημένο με χρυσό, γονάτισε στο μαξιλάρι μπροστά από το μπλοκ στο οποίο τοποθέτησε το κεφάλι της και άπλωσε τα χέρια της. Τα τελευταία της λόγια ήταν: In manus tuas, Domine, commendo spiritum meum ("Στα χέρια σου, Κύριε, παραδίδω το πνεύμα μου").
Η Μαρία δεν αποκεφαλίστηκε με ένα μόνο χτύπημα. Το πρώτο χτύπημα δεν πέτυχε το λαιμό της και χτύπησε το πίσω μέρος του κεφαλιού της. Το δεύτερο χτύπημα έκοψε το λαιμό, εκτός από ένα μικρό κομμάτι ινών, το οποίο ο δήμιος έκοψε χρησιμοποιώντας το τσεκούρι. Στη συνέχεια, κράτησε το κεφάλι της ψηλά και δήλωσε "Ο Θεός σώζει τη βασίλισσα". Εκείνη τη στιγμή, οι καστανόξανθες τούφες στο χέρι του αποδείχθηκαν περούκα και το κεφάλι έπεσε στο έδαφος, αποκαλύπτοντας ότι η Μαρία είχε πολύ κοντά, γκρίζα μαλλιά. Ο ανιψιός του Σέσιλ, ο οποίος ήταν παρών στην εκτέλεση, ανέφερε στον θείο του ότι μετά τον θάνατό της "τα χείλη της κουνιόντουσαν πάνω-κάτω ένα τέταρτο της ώρας αφότου της έκοψαν το κεφάλι" και ότι ένας μικρός σκύλος που ανήκε στη βασίλισσα βγήκε κρυμμένος ανάμεσα στις φούστες της -αν και ο αυτόπτης μάρτυρας Εμάνουελ Τομασόν δεν περιλαμβάνει αυτές τις λεπτομέρειες στην "εξαντλητική του έκθεση". Τα αντικείμενα που υποτίθεται ότι φορούσε ή έφερε η Μαρία κατά την εκτέλεσή της είναι αμφίβολης προέλευσης- σύγχρονες αναφορές αναφέρουν ότι όλα τα ρούχα της, το μπλοκ και ό,τι άγγιξε το αίμα της κάηκαν στο τζάκι της Μεγάλης Αίθουσας για να εμποδίσουν τους κυνηγούς λειψάνων.
Όταν η είδηση της εκτέλεσης έφτασε στην Ελισάβετ, αγανάκτησε και ισχυρίστηκε ότι ο Ντέιβισον είχε παρακούσει τις οδηγίες της να μην αποχωριστεί το ένταλμα και ότι το Συμβούλιο των Βασιλικών είχε ενεργήσει χωρίς την εξουσία της. Η αμφιταλάντευση της Ελισάβετ και οι σκόπιμα ασαφείς οδηγίες της έδωσαν εύλογη δυνατότητα άρνησης για να προσπαθήσει να αποφύγει την άμεση κηλίδα του αίματος της Μαρίας. Ο Ντέιβισον συνελήφθη, ρίχτηκε στον Πύργο του Λονδίνου και κρίθηκε ένοχος για παράβαση καθήκοντος. Απελευθερώθηκε δεκαεννέα μήνες αργότερα, αφού μεσολάβησαν υπέρ του ο Σέσιλ και ο Γουόλσινχαμ.
Το αίτημα της Μαρίας να ταφεί στη Γαλλία απορρίφθηκε από την Ελισάβετ. Το σώμα της ταριχεύτηκε και έμεινε σε ασφαλές μολύβδινο φέρετρο μέχρι την ταφή της σε προτεσταντική τελετή στον καθεδρικό ναό του Πίτερμπορο στα τέλη Ιουλίου 1587. Τα σπλάχνα της, που αφαιρέθηκαν στο πλαίσιο της ταρίχευσης, θάφτηκαν κρυφά στο κάστρο Fotheringhay. Το σώμα της εκταφιάστηκε το 1612, όταν ο γιος της, ο βασιλιάς Ιάκωβος ΣΤ' και Α', διέταξε να ταφεί εκ νέου στο Αβαείο του Ουέστμινστερ σε ένα παρεκκλήσι απέναντι από τον τάφο της Ελισάβετ. Το 1867, ο τάφος της ανοίχτηκε σε μια προσπάθεια να εξακριβωθεί ο τόπος ανάπαυσης του γιου της, Ιακώβου Α΄ της Αγγλίας. Τελικά βρέθηκε μαζί με τον Ερρίκο Ζ΄. Πολλοί άλλοι απόγονοί της, όπως η Ελισάβετ της Βοημίας, ο πρίγκιπας Ρούπερτ του Ρήνου και τα παιδιά της Άννας, βασίλισσας της Μεγάλης Βρετανίας, ενταφιάστηκαν στον τάφο της.
Οι εκτιμήσεις για τη Μαρία τον 16ο αιώνα διχάστηκαν μεταξύ των προτεσταντών μεταρρυθμιστών, όπως ο George Buchanan και ο John Knox, οι οποίοι τη συκοφαντούσαν ανελέητα, και των καθολικών απολογητών, όπως ο Adam Blackwood, οι οποίοι την επαινούσαν, την υπερασπίζονταν και την εξυμνούσαν. Μετά την ενθρόνιση του Ιακώβου Α΄ στην Αγγλία, ο ιστορικός Γουίλιαμ Κάμντεν έγραψε μια επίσημα εγκεκριμένη βιογραφία που βασίστηκε σε πρωτότυπα έγγραφα. Καταδίκασε το έργο του Μπιουκάναν ως επινόηση και "έδωσε έμφαση στην κακή τύχη της Μαρίας και όχι στον κακό χαρακτήρα της". Οι διαφορετικές ερμηνείες παρέμειναν μέχρι τον 18ο αιώνα: Ο Γουίλιαμ Ρόμπερτσον και ο Ντέιβιντ Χιουμ υποστήριξαν ότι οι επιστολές του φέρετρου ήταν αυθεντικές και ότι η Μαρία ήταν ένοχη για μοιχεία και φόνο, ενώ ο Γουίλιαμ Τάιτλερ υποστήριξε το αντίθετο. Στο δεύτερο μισό του 20ού αιώνα, το έργο της Antonia Fraser αναγνωρίστηκε ως "πιο αντικειμενικό... απαλλαγμένο από τις υπερβολές της κολακείας ή της επίθεσης" που χαρακτήριζαν τις παλαιότερες βιογραφίες, ενώ οι σύγχρονοί της Gordon Donaldson και Ian B. Cowan παρήγαγαν επίσης πιο ισορροπημένα έργα.
Η ιστορικός Jenny Wormald κατέληξε στο συμπέρασμα ότι η Μαρία ήταν μια τραγική αποτυχία, η οποία ήταν ανίκανη να αντιμετωπίσει τις απαιτήσεις που της είχαν τεθεί, αλλά η δική της ήταν μια σπάνια διαφορετική άποψη σε μια παράδοση μετά τον Φρέιζερ, σύμφωνα με την οποία η Μαρία ήταν ένα πιόνι στα χέρια ραδιούργων ευγενών. Δεν υπάρχουν απτές αποδείξεις για τη συνενοχή της στη δολοφονία του Ντάρνλεϊ ή για συνωμοσία με τον Μπόθγουελ. Τέτοιες κατηγορίες στηρίζονται σε υποθέσεις, και η βιογραφία του Buchanan έχει σήμερα απαξιωθεί ως "σχεδόν πλήρης φαντασίωση". Το θάρρος της Μαίρης κατά την εκτέλεσή της βοήθησε να εδραιωθεί η δημοφιλής εικόνα της ως το ηρωικό θύμα σε μια δραματική τραγωδία.